Aft nin tedavisinde öncellikle hastalığın neden olduğunun teşhisi gereklidir.Diyelimki tetkikleriniz yapıldı eğer bir problem varsa kansızlık,vitaminsizlik gibi bunun üzerine gidilir.Hasta behçet hastasıysa eğer bunla ilgili özel poliklinikler vardır hasta buralara yönlendirilir ve buralarda özel tedavi uygulanır.Diyelim ki hiçbir sorun bulunamadı,hastanın tekrar eden afları varsa hastanın rahatlatılması gerekiyor.Uzmanlar bu anlamda kortizonlu bir takım ağız için geliştirilmiş merhemler veya spreyler önerirler. Anestezik maddeler içeren ,dokuyu besleyen bir takım jeller kullanılabilir. Bağışıklık sistemini kuvvetlerindiren ilaçlar önerilebilir.Hiç bir hastalık çıkmasa bile hastanın aft den dolayı oluşan rahatsızlığını minimize edici rahatlatıcı ilaçlar verilir hastaya.Aft’yi tamamen ortadan kaldırmak mümkün değil ama hastanın günlük yaşamını rahatça geçirmesini sağlayacak ilaçlar mevcuttur.