Aft nin nedenleri arasında genetik faktörler,bazı kan hastalıkları,bağışıklık sistemini zayıf düşüren hastalıklar sayılabilir.Behçet hastalığı gibi hastalıklar aft ile kendini belli edebilirler.Vitamin eksiklikleride aft nin ortaya çıkmasına neden olabilir.Aynı zamanda bazen uçuk virüsüde aft nedeni olabilmektedir.Travmalar ve bazı gıdalar aft yi tetikleyebilir özellikle sert diş fırçalarının kullanılması veya dilin ısırılması aft yi başlatabilir.Bunun dışında aft ye sebep olan en öenmli hastalık behçet hastalığıdır.